Początki kościelnych trybunałów inkwizycyjnych sięgają XIII w., kiedy Kościół zetknął się z wieloma nowymi ruchami religijnymi, które naruszały jego interesy. Urzędy do spraw ścigania herezji zostały powołane w parafiach w roku 1229 przez papieża Grzegorza IX. Składały się początkowo z jednej osoby duchownej i dwóch świeckich, których zadaniem było tropienie i demaskowanie lokalnych heretyków. Ta forma inkwizycji nie sprawdziła się, gdyż świeccy nie wykazywali się dostateczną gorliwością w demaskowaniu swych ziomków. Nie mieli też dostatecznego przygotowania i determinacji. Zreformowana inkwizycja narodziła się w 1233, kiedy papież owe urzędy powierzył dominikanom, którzy jako ludzie z zewnątrz zsyłani byli w teren, i jako pozbawieniu lokalnych sentymentów sprawnie rozkręcili koło zamachowe represji kościelnych na straży ortodoksji. Braciszkowie inkwizytorzy nienawidzeni byli tak przez mieszkańców, jak i przez lokalny kler na obszar którego byli zsyłani. Z tym większą zaciętością wzięli się do rzeczy.

Proces inkwizycyjny. Stosowany był już od XIII w. Niektórzy apologeci uparcie wskazują na „pozytywne" aspekty procesu inkwizycyjnego. Oto przykład jednego z owych mędrców: "Kto zaś chce, może sięgnąć do opracowań historycznych i zobaczyć, jakie w owych czasach panowały w całej Europie obyczaje w świeckich sądach i dojść do oczywistego wniosku, że inkwizycja była ogromnym krokiem w kierunku humanitaryzmu wymiaru sprawiedliwości i systemu penitencjarnego" (Rafał A. Ziemkiewicz, Najwyższy Czas!, 5-VIII-1995) . Bo zapoczątkowała postępowanie z urzędu? Ale do jakich spraw ! Bo można było się odwoływać ? Bzdura, do samego Pana Boga co najwyżej ! Można było się teoretycznie odwołać do papieża, jednak zgodę na to wydawał sąd, który skazał, a który generalnie w razie prośby o posłuch u papieża uznawała roszczenia ofiary za zbyt błahe, aby niepokoić Jego Świątobliwość. Jak pisze Reinach: "Przerażające były kaźnie, zadawane przez Inkwizycję (...), jednak jej procedura była ohydniejsza jeszcze" . Głównym powodem stosowania tortur (z formalno-procesowego punktu widzenia) był sposób oceny dowodów. W sądach teraźniejszych obowiązuje tzw. zasada wolnej oceny dowodów, w sądzie inkwizycyjnym najwyższą rangę dowodową miało przyznanie się oskarżonego (confessio est regina probationum — przyznanie się jest królową dowodów). Tym samym, sędzia (w procesie tym będący jednocześnie prokuratorem) dążył do uzyskania tego dowodu, najczęściej torturami (były prawnie sędziemu inkwizycyjnemu dozwolone). Obok ławy tortu wisiał krzyż, wszystkie zaś narzędzia, którymi zadawano tortury były wielokrotnie pokrapiane wodą święconą. Przed przystąpieniem do rozprawy oprawcy odmawiali modlitwę do Ducha Świętego. Oskarżonemu "stawiano podstępne pytania, zastawiano nań sidła, doprowadzano go do oskarżania samego siebie; jeżeli się opierał, stosowano doń torturę, której nie wolno było odnawiać, ale którą rzekomo prowadzono w dalszym ciągu, nawet po długiej przerwie, gdy nie przyniosła pożądanego skutku. Posiadamy podręczniki do użytku inkwizytorów z osnowami pytań sądowych; są to pomniki szczwania i oszukaństwa. Celem głównym tortury było zmuszanie oskarżonego do denuncjowania swych wspólników lub tych, co dzielili jego błędy; łatwo zrozumieć ilu niewinnych musiano zawlec przed te trybunały, co, ku uwieńczeniu nikczemności, korzystały z konfiskat dóbr, które orzekały, i dawały z nich korzystać Stolicy Świętej." (Reinach )

Do różnic między procesem cywilizowanym a inkwizycyjnym, oprócz wspomnianego postępowania dowodowego, zaliczamy zasadę domniemania niewinności oskarżonego, która w procesie inkwizycyjnym nie występowała (oskarżony przez trybunał inkwizycyjny był z góry winnym, należało tylko odpowiednimi środkami procesowymi (zobacz: galeria) pomóc jej w opowiedzeniu całej perfidii o własnej bezbożności). Adwokata mieć nie można było, gdyż nikt nie podjął by się takiej szalonej obrony. Obrońca natychmiast oskarżony zostałby o „czynienie przeszkód" Inkwizycji, co doprowadziłoby w następstwie do zniszczenia jego samego. Ponadto, postępowanie inkwizycyjne było pisemne i w zasadzie tajne. Oskarżony, "najczęściej niepiśmienne biedaczysko", nie wiedział najczęściej o co jest oskarżany, nie znał imion świadków, którzy go obciążają.

Kary. Można było skazywać na:

• tzw. „pokój", czyli więzienie. Jednak inkwizycyjne więzienia były daleko gorszym losem niż stos. Jako jedno takie miejsce można wymienić Zamek św. Anioła w pobliżu Watykanu. Była to solidna budowla z czasów rzymskich jeszcze, przypominająca nasz krakowski Barbakan, powiększony jednak co najmniej dziesięciokrotnie z dołożoną na szczycie wielką rzeźbą Michała Archanioła z rozpostartymi skrzydłami. W sześciokondygnacyjnych podziemiach zamku konały ofiary inkwizycji łaskawie obdarzone „pokojem": "spuszczani byli na linie do najgłębszych lochów, pozbawionych światła i zalanych często wodą przeciekającą z płynącego wyżej Tybru. Raz dziennie otrzymywali — także na linie — bochenek chleba i dzbanek wody do picia. Jak wynika z kronik zamkowych, nikt nie przeżył tam dłużej niż trzy tygodnie. Ciała zjadały szczury, a kości pozostawały w lochach."
• chłostę,
• dalekie pielgrzymki,
• na noszenie oznak hańbiących, które utrudniały im codzienne życie w społeczeństwie.

Trybunały Inkwizycyjne NIE mogły jednak skazywać na śmierć, z powodu świętej zasady: „Kościół ma odrazę do krwi". Oczywiście chodzi to o odrazę formalną. Jak pisze Wolter: "Właśnie dla zastosowania się do tej zasady pewien biskup z Beauvais, za Filipa Augusta, posługiwał się maczugą dla miażdżenia swych nieprzyjaciół, a nie lancą, mówiąc, że byłoby nieprawidłowością, gdyby przelewał krew ludzką" . W rzeczywistości nikt rozsądny nie kwestionuje jednak, że to Kościół mordował, "Inkwizycja znalazła furtkę, żeby być krwawą bez nieprawidłowości. Kiedy sądziła, że oskarżony zasługiwał na śmierć, oznajmiała mu, że Kościół nie może już nic dlań uczynić, że jest odcięty od Kościoła i pozostawiony ramieniu świeckiemu, to znaczy urzędnikom cywilnym. Ci mieli rozkaz spalić go żywcem; jeżeli się wahali, Kościół im groził ekskomuniką. Dołączał tym sposobem obłudę do okrucieństwa. To nie przeszkodziło, w XIX w., sofistom, jak Józef de Maistre, twierdzić, że Kościół nigdy nie przelewał krwi, zadawalniał się zobowiązaniem władz cywilnych do jej wytaczania! (...) Można było wszcząć proces o herezję przeciw człowiekowi, zmarłemu od 40 lat, i, jeżeli został osądzony winnym, kazać odkopać i spalić jego ciało, ogołocić wszystkich jego spadkobierców z majątków, doprowadzić jego rodzinę do nędzy i rozpaczy. Takie były rządy, które Inkwizycja dominikańska ustanowiła na południu Francji i które rozciągała, kiedy mogła, na inne kraje chrześcijaństwa" (Reinach ).

Sama egzekucja była urządzona bardzo uroczyście z kościelną oprawą. Odbywała się najczęściej w dni świąteczne i była przerażającą demonstracją potęgi Kościoła. Ci z ludu, którzy nosili drwa na stos otrzymywali odpust zupełny. Ofiara przyodziana była często w czapkę błazeńską, czasami szczypanoich najpierw rozżarzonymi obcęgami lub ucinano prawą rękę. W przypływie resztek uczuć chrześcijańskich, w drodze wielkiej łaski, duszono czasami skazanego i pastwiono się na martwym ciele, oszczędzając nieszczęśnikowi mąk przedśmiertnych. W czasie, gdy kacerz umierał pobożny lud śpiewał pieśń Chwalimy Cię, wielki Boże, którą intonował kapłan. Celem spalenia było uniemożliwienie zmartwychwstania ofiary w dniu Sądu Ostatecznego.

Sacra Congregatio Inquisitionis powołana została przez papieża Pawła III w 1542 r. Było to pierwsze ministerstwo centralne Kościoła (Kongregacja). Do dziś powstało wiele Kongregacji zajmujących się różnymi dziedzinami Kościoła, jednak Inkwizycja była pierwsza.

"To działało: oczywiście pewnym kosztem, przynajmniej jak to postrzegali wyznawcy nowożytnego liberalizmu. Inkwizycja narzucała ograniczenie kontaktów gospodarczych z miejscami utożsamianymi z herezją, mogło to bez trudu zahamować przedsięwzięcia handlowe. Kontrola inkwizycji nad rzemiosłem drukarskim i wydawniczym zacieśniała horyzonty myślowe, jednocześnie powściągając zarówno rozważania intelektualne, jak przedsięwzięcia handlowe." ^{[ 1 ]}

Inkwizycja pontyfikalna „była najsroższą i najnielitościwszą. Kazała palić tysiącami Albigensów, Waldensów, franciszkanów, husytów, czarownice, szła poniżająco w służbę władz politycznych dla zadowolenia ich chciwości i mściwości, jak kiedy kazała spalić niewinnych templariuszów, niewinną Joannę d'Arc; niosła wszędzie zrozpaczenie i postrach aż dotąd, dopóki królowie, zbrzydziwszy sobie jej samowolne górne poczynania, potrochu zabronili jej dostępu do swych państw. Powstaje pytanie, jak podobne okropności mogły być znoszone przez część Europy w ciągu stuleci. To się tłomaczy pojęciem, które Kościół zakorzenił był głęboko w sercu ludów: herezja, zbrodnia przeciw Bogu, była najcięższą ze zbrodni i wystawiała miasto, prowincję, naród na gniew niebios, na morową zarazę, na głód, na powodzie, jeśli nie była niezwłocznie i bezlitośnie powściągniętą. Heretyk winien być traktowanym, jak zadżumiony, lub raczej, jak odzież zadżumionego, którą się rzuca w ogień bez skrupułu. Z drugiej strony, widowisko tych uroczystych egekucyj, tych krwawych jatek, na które zbiegano się, jak na święto, zatwardzało serca, budziło instynkty atawistyczne srogości i czyniło pospólstwo obojętnem na widok cierpień bliźniego. Prawdę mówiąc, nie trwanie właśnie instytucji inkwizytorskiej zadziwia, ale fakt, że stało się mozliwem położyć jej kres."

W 1592 roku, obrońca teorii Kopernika — Giordano Bruno, został uwięziony przez inkwizycję pod zarzutem herezji. W roku 1600 został spalony na stosie za uprawianie magii.

Innym popisem Inkwizycji była sprawa Galileusza, któremu uczyniono zarzut, że jego "niedorzeczności" (za Kopernikiem twierdził, że to Ziemia się obraca, nie Słońce) są niezgodne z prawdą, gdyż przeczą historii Jozuego (ów bohater biblijny „wstrzymał Słońce"). Inkwizycja ogłosiła, że to bzdura "nietylko heretycka w wierze, ale niedorzeczna w filozofji" . Galileusz był uczonym, ale nie bohaterem, zmuszony przez Inkwizycję 16 czerwca 1633 r. "złożył odwołanie pokornie i na klęczkach". Przypisywane mu słowa "A jednak się kręci" są nieprawdziwe. Znów Kościół nałożył nauce kaganiec...

Doprawdy trudno się nie dziwić, że w kraju, w którym tak szanuje się obecnego papieża, tego właśnie, który potępił inkwizycję, wciąż zdarza się słyszeć głosy jej obrońców. A przecież "kto choć pobieżnie zapoznał się z jakimkolwiek procesem inkwizycyjnym, kto jak ja rozmyślał o hańbie tortur zadawanych przez inkwizytorów, nie może nie użyć słowa "zbrodnia"". (Gustaw Herling-Grudziński, „Dziennik pisany nocą").

Urząd inkwizycji zniesiony został w swej dawnej formie w 1908 r., kiedy to przemianowano go na Święte Oficjum, a następnie na Kongregację do Spraw Doktryny Wiary. Dziś środki działania nowej inkwizycji są zupełnie inne od tych, które cechowały dawniej ten urząd. Tym niemniej wspomnijmy tych, którzy padli ofiarą nowej inkwizycji (która to mogła jedynie wykluczyć ich z Kościoła, podczas gdy dawniej spłonęliby na stosie jako heretycy): Hans Küng (1979), arcybiskup Hunthausen z Seattle, Eduard Schillebeeckx, Leonardo Boffa, Charles Curran, Jacques Pohlers, John Mc Neill, Uta Ranke-Heinemann, Lauro Noguarir, Eugen Drewermann,