W tzw. Złotym Wieku Polska była krajem tolerancyjnym. Schronienie i możność działania znajdowało tutaj wiele wyznań w innych krajach prześladowanych. Wraz z rozkwitem reformacji najpierw zawitali do Polski luteranie, którzy zdobyli wyznawców głównie wśród mieszkańców miast. Później pojawili się kalwini za którymi opowiedziała się szósta część stanu szlacheckiego, jego elita intelektualna wykształcona na zachodnich uniwersytetach, ta która wiodła prym w ruchu egzekucji dóbr i praw, wymierzonym w nadużycia magnaterii oraz kleru. Z czasem pojawili się anabaptyści (menonici), bracia czescy, bracia polscy (socynianie). Przez pewien czas protestantyzm miał w Polsce przewagę, jeśli idzie o publiczne wpływy.

Fakt, że stan duchowny nie ponosił ciężarów na rzecz obrony państwa, spotykał się z solidną krytyką szlachty wszelkich wyznań. Tzw. ruch egzekucyjny postulował, aby annaty (opłaty przesyłane do Rzymu przez duchownych obejmujących godności kościelne, stanowiące równowartość rocznych dochodów na danym stanowisku), przekazywane dotąd przez biskupów do Rzymu, przeznaczyć na sfinansowanie obrony kresów państwa, a także, aby dobra kościelne na równi ze szlacheckimi wysyłały żołnierzy na wojnę. Inną przyczyną krytyki praw i przywilejów duchowieństwa było pozywanie szlachty innowierczej przed katolickie sądy duchowne. Sądy te orzekały w sprawach odstępstwa od wiary katolickiej, uchylania się od płacenia dziesięciny czy też zaboru mienia kościelnego, a więc we wszystkich kwestiach prawnych związanych z powstaniem gmin protestanckich. Kompetencje sadów kościelnych obejmowały również sprawy małżeństw, obyczajowe i spadkowe, dotykając tym samym najważniejszych dziedzin życia.

Zamierzano nawet zerwanie z Rzymem i utworzenie polskiego Kościoła narodowego (1555). To się jednak nie udało, tym niemniej zgodnie z powyższymi postulatami na sejmach z lat 1563-1569 nałożono na kler katolicki obowiązek płacenia podatków nadzwyczajnych (wyznaczanych np. w okresie wojen) w formie procentu od dziesięcin. Szczególne znaczenie miał fakt, że zniesiono też wykonywanie wyroków sądów kościelnych przez starostów (1563), czyli odebrano Kościołowi prawo posługiwania się siłą świeckiej władzy państwowej, co dotychczas czynił nieustannie egzekwując swoje żądania. Stwarzało to realne podstawy dla wolności sumienia w Polsce, zarazem godziło w ekonomiczną i polityczną potęgę Kościoła rzymskokatolickiego. Ten stan trwał do czasów kontrreformacji w Polsce.

W 1564 zaprzestano płacenia papieżowi świętopietrza, servitia communio oraz annat.

W 1570 r. zawarto ugodę sandomierską w sprawie tolerancji religijnej w kraju. Ugoda nie obejmowała jednak braci polskich. Pierwsza polska quasi-konstytucja, Artykuły henrykowskie (1573) zawiera trzeźwy ogląd sprawy w kwestii wynagrodzeń urzędników Rady Senatorów: "Ci mają mieć opatrzenie ze skarbu naszego i potomków naszych: biskupi z ruskich krajów i świeckiego stanu senatorowie (...); a panowie duchowni krajów polskich tego nie potrzebują, gdyż są dobrze opatrzeni" (pkt 8). Zwieńczeniem ruchu egzekucyjnego było uchwalenie tzw. konfederacji warszawskiej, 28/29 stycznia 1573 r. Był to akt, który wprowadzał oficjalnie wolność sumienia w Rzeczypospolitej, zakaz prześladowania za wiarę, wprowadzał wolność religijną. Był to pierwszy taki akt w Europie. Episkopat katolicki nigdy nie uznał ważności tej ustawy. Był to szczytowy moment wpływów Reformacji w Polsce, która jak żaden inny kraj europejski cieszyła się tolerancją religijną, która jako jeden z niewielu krajów dawała schronienie prześladowanym, która nie zaznała potwornych wojen religijnych pustoszących Francję i Niemcy tego okresu. Mówiło się wówczas, że jeśli szukasz jakiejś zaginionej religii — zaglądnij do Rzeczypospolitej.

Polscy protestanci mieli jednak i bardzo polskie przywary: nie umieli się jednoczyć i trwać w zgodzie dla wspólnej sprawy. Osłabiło ich to w zmaganiach z Kościołem rzymskim i podkopało szansę na utworzenie kościoła narodowego. Do tego dochodził obsesyjny lęk przed zbyt silnym monarchą. Choć mogliby teoretycznie doprowadzić do wybrania króla-protestanta, wykoncypowali sobie, jak pisze Leopold von Ranke, iż roztropnie będzie, jeśli będzie on katolikiem, gdyż wówczas mieć będzie nad sobą jeszcze papieża, co hamować go będzie przed samodzierżawiem. Król katolik oczywiście był bardziej zależny, jednak dzięki temu papież mógł z sukcesem prowadzić wojnę z polskimi protestantami.

Umocowanie Kościoła na dworze cały czas było silne. Nuncjusz papieski był jedynym obcym posłem, któremu wolno było prowadzić rozmowy z królem bez obecności senatora. Nuncjusze starali się z jednej strony wpływać na króla, z drugiej na podległych im biskupów wymuszając jednomyślność i jednogłośność (trzeba wiedzieć, że biskupi ówcześnie z racji urzędu zasiadali w senacie). Nuncjusz Bolognetti wzywał więc króla Stefana, by ten obsadzał urzędy wyłącznie katolikami, by w królewskich miastach zezwalał jedynie na katolickie nabożeństwa i by przywrócił dziesięcinę. Batory, który doceniał doniosłość tolerancji religijnej, oświadczył nuncjuszowi, że nie ma tyle władzy, by zaspokoić pragnienia rzymskiego posła. Udało mu się wszakże wymóc deklarację, że biskupstwa będą przyznawane wyłącznie katolikom, co dotychczas nie zawsze było przestrzegane.

Dużo więcej udawało się nuncjuszowi załatwić przez senat, zdominowany dzięki biskupom przez katolików. Dzięki temu udało się postawić katolicką żarliwość nad pragmatyzm i interes państwa. I tak przykładowo, kiedy Anglicy zaproponowali nam zawarcie układu handlowego, korzystnego zwłaszcza dla sprotestantyzowanego Gdańska, nuncjuszowi udało się zapobiec zawarciu tego traktatu. Angole mieli czelność domagać się swobody handlu i nieczynienia im wstrętów z powodów religijnych.

Prawdziwy dramat miał się jednak dopiero zacząć po śmierci króla Stefana. W owym czasie najpotężniejszą „partią" była familia Zamoyskich, która obrała sobie kierunek katolicki. Na następcę namaścili Zygmunta, szwedzkiego księcia, formowanego przez jezuitów.

Czego nie dało się wymóc ani na Zygmuncie Auguście ani na Stefanie Batorym, to posłusznie i z gorliwością w życie zaczął wcielać Waza. Wszelkie awanse i urzędy odtąd miały dostawać się wyłącznie katolikom. 20 tys. stanowisk do obsadzenia. Wszystko w rękach króla. Warto było utrzymywać dobre stosunki zwłaszcza z jezuitami. Starosta Ludwik Mortęski podarował im swój dom w Toruniu, dzięki czemu awansował na wojewodę pomorskiego. Korumpowanie jezuitów stało się łatwą przepustką do kariery. Coraz więcej szlachty zaczynało dostrzegać, że Złoty Wiek się już zakończył i że wiatry wieją teraz w zupełnie inną stronę. Zaczęły się mnożyć w stanie szlacheckim konwersje na katolicyzm. W dobie boomu reformacyjnego katolicy stracili wiele kościołów na rzecz protestantów. Teraz biskupi ogłosili, iż jest to niezbywalna własność Kościoła, która mu się słusznie należy, i zaczęli wnosić skargi sądowe w tych miastach, gdzie utracili kościoły. Ponieważ sądy już były poobsadzane żarliwymi katolikami toteż w krótkim czasie odzyskali wszystkie miejskie kościoły parafialne.

Z czasem Zygmunt w dużej mierze uniezależnił się od popierającej go „partii", wynosząc do wysokich stanowisk jej wrogów. Rządził przy pomocy senatu, którym z kolei dyrygowali biskupi. W reakcji na to wybuchł bunt szlachecko-protestancki zwany „rokoszem Zebrzydowskiego" (1606-1609). Królowi zarzucano faworyzowanie jezuitów i dążenia absolutystyczne. Domagali się nie tylko wybieralności urzędników ziemskich, ale i wygnania jezuitów z kraju. O wszystkim zadecydowała bitwa pod Guzowem. Wojska królewskie ruszyły do ataku z okrzykiem „Jezus, Maryja!", rozbijając przeciwnika, zadając tym samym śmiertelny cios rokoszowi.

Dzięki temu kurs antyprotestancki mógł zostać utrzymany. Rzym zaś słał zachwyty nad nowymi porządkami w Rzeczypospolitej: „Protestancki władca, który nadawałby godności w równych częściach przedstawicielom obu stronnictw, zapełniłby cały kraj heretykami". Zgodnie z instrukcją papieską, która głosiła sprytnie: "Mieszkańców należy zmuszać do nawracania się, bez użycia jednak oczywistej przemocy" — w miastach królewskich póki co ograniczono nabożeństwa protestanckie.

Nuncjusz papieski, ówcześnie szara eminencja władzy w Polsce, stale nadzorował, by trybunały obsadzano zgodnie z wolą Kościoła Katolickiego i aby działały one „stosownie do świętego prawa kanonicznego".

Istotnym polem oddziaływania prozelickiego były mieszane małżeństwa, którym Rzym położył zdecydowaną tamę. Dla ważności ślubu wymagano, aby był on zawarty przed proboszczem, ci zaś nie udzielali ich dla pary różnych wyznań. To powodowało, iż na ogół decydowano się na obrządek katolicki, a tym samym na konwersję, choćby dlatego, aby w przyszłości nie zaszkodzić swoim dzieciom.

Zgodnie z instrukcją papieską Kościół i jego ramię świeckie nie angażowały się w nawracanie poprzez przemoc. Robili to jezuici rękoma swoich wychowanków. Państwo ograniczało się do przymykania oczu i nieinterweniowania.

Ranke podaje, iż uczniowie jezuitów nierzadko obchodzili dzień Wniebowzięcia w ten specyficzny sposób, że szturmowali domy ewangelików, rabowali je i niszczyli. Biada temu, kogo schwytali albo kogo choćby tylko spotkali na ulicy! Młoda szlachta. Złota młodzież Srebrnego Wieku. Ostatnią świątynię ewangelicką w Krakowie zniszczono w 1591 r. Zdemolowano również miejscowy cmentarz ewangelicki. Ciała zmarłych wyrzucone zostały z grobów. W 1611 zniszczono kościół protestancki w Wilnie, pastorzy zostali poturbowani lub zabici. W 1615 w Poznaniu ukazał się elaborat dowodzący, że protestanci nie mają prawa zamieszkiwania w tym mieście. Niedługo później uczniowie szkół jezuickich uderzyli na kościół braci czeskich, nie zostawiając kamienia na kamieniu, zaś świątynię luterańską puszczając z dymem. Takie akty przemocy religijnej występowały w wielu innych miejscach, stale terroryzując polskich protestantów.

Kiedy już zniszczono to co było do zniszczenia w miastach, krakowscy studenci zaczęli napadać na niekatolickie kościoły położone w podkrakowskich wsiach. Krzysztof Kraiński, kalwiński polemista i postyllograf z początków XVII w., opisywał jak na Podlasiu pewien stary luterański pastor, Laskowski, spacerował opierając się na lasce, przed swym powozem. Z drugiej strony nadjechał szlachcic katolicki, który rozkazał swemu woźnicy nakierować konie wprost na pastora. Starzec zmarł poturbowany.

W tym haniebnym okresie dziejów Polski ekscesom kontrreformacyjnym towarzyszyły napady na różnowiercze sklepy, mieszkania, a nawet pogromy ludzi. Pogromy wyznaniowe, dokonywane z aprobatą i z inicjatywy kleru katolickiego, przebiegały przy całkowitej niemal bierności władz świeckich, które nie czuły się do niczego zobowiązane, gdyż sejm nie uchwalił przepisów wykonawczych do postanowień konfederacji warszawskiej. Pozostała ona wzniosłym kawałkiem papieru. Po tzw. potopie szwedzkim Kościół dopomógł narodowi znaleźć kozła ofiarnego — antytrynitarzy, których wygnano (1658) zasilając tym samym Holandię. W 1668 sejm zabronił, pod karą śmierci, odstępstwa od katolicyzmu. 21 lat później na Rynku Starego Miasta w Warszawie uroczyście i w katolickim obrządku odrąbano głowę Kazimierzowi Łyszczyńskiemu - filozofowi i prawnikowi, który nie wierzył w Boga a na dodatek przed polskimi sądami występował w sporach majątkowych przeciwko jezuitom… Do czasów Oświecenia nad Polską zapanowała kontrreformacyjna noc, której pamięć podkreśla wiszący posępnie nad Warszawą Zygmunt z wielkim krzyżem na kolumnie.