Wolter był zapraszany już w młodym wieku na dyskusje libertynów, korzysta z ich śmiałości w sprawach interpretacji świętych ksiąg. W wieku dwudziestu lat uważa Stary Testament za "stek baśni i legend" i wie już, że Mojżesz nie napisał Pięcioksięgu. Od tamtej pory, co pokazał M. Pomeau, Wolter jest anty-chrześcijański "z zapałem bojownika". Fénelon i Jezuici sprowadzili go z dobrej drogi na tyle, by zaczął sobie zadawać pytania typu "Czy Pan Bóg istnieje ?". A jeśli istnieje, to na pewno nie przypomina tego, któremu służył ojciec Woltera, jansenista: Boga równie potwornego i okrutnego jak ten przedstawiony w Biblii; Boga niegodziwego, którego dowolnie przedstawiają wszyscy kapłani wszystkich religii. Od napisania Edypa Wolter buntuje się przeciwko temu strasznemu obrazowi.

Zwieńczeniem jedenastoletniej egzegezy Biblii wraz z Madame du Châtalet jest Kazanie pięćdziesięciu: zestawienie bezeceństw nagromadzonych w świętej księdze: „Ileż zbrodni popełnionych w imię Pana ! (...) O mój Boże ! Gdybyś ty sam zstąpił na ziemię i rozkazał mi uwierzyć w ten stek zabójstw, gwałtów, mordów, kazirodztw popełnionych według twojego rozkazu i w twoim imieniu, powiedziałbym ci: Nie, twoja świętość nie może się domagać, bym zaakceptował te znieważające cię potworności; bez wątpienia chcesz mnie wypróbować.", „Nieskończona liczba sprzeczności, które są przypieczętowaniem kłamstwa" zostaje dorzucona do wzgardy, z jaką należy traktować te wszystkie bajki. Nowy Testament nie jest wart więcej, niż Stary: „Wiecie, do jak absurdalnego stopnia autorzy przeczą sobie wzajemnie; jest to przekonywujący dowód kłamstwa (...) Najpierw nie śmią zrobić Boga z tego człowieka, ale szybko zmieniają zdanie.". Wszystko w takim tonie. Jest za co zaprowadzić na stos stu Wolterów. Kazanie zostanie rozprowadzone dopiero w roku 1760, w czasie gdy, przerywając pracę dla Encyklopedii, powróciwszy z Berlina i przestawszy robić sobie iluzje co do Fryderyka II, Wolter osiada w Ferney: "Jestem zaabsorbowany spisywaniem w kolejności alfabetycznej moich przemyśleń na temat tego, co myślę o tym i tamtym świecie — pisze do Madame du Deffand — do użytku mojego własnego i, być może po mojej śmierci, uczciwych ludzi."

Wolter był zawsze gorącym zwolennikiem tolerancji religijnej. Na pocz. Lat 60 XVIII, gdy miał blisko 70 lat , we Francji miało miejsce szereg przypadków szczególnie okrutnych prześladowań protestantów. Wolter, wstrząśnięty i oburzony, zaangażował się w intelektualną walkę z fanatyzmem religijnym. Napisał mnóstwo pamfletów politycznych skierowanych przeciwko nietolerancji religijnej.

„Pewnego razu w czasie przebudowy kościoła grożącego zawaleniem i nowego kształtowania cmentarza w swoich dobrach w Ferney zażyczył sobie, by znajdujący się na cmentarzu olbrzymi drewniany krzyż, który stał bezpośrednio przed oknami jego zamku, został postawiony w innym miejscu. Zwrócił się w związku z tym do rzemieślników-cieśli: "Zabierzcie stąd tę szubienicę!" (Otez-moi cette potence). Wypowiedź ta dotarła do uszu jego sąsiada, księdza z Moens. Ten zażądał, by Wolter wytłumaczył się z użycia uwłaczającego słowa „szubienica". Na to Wolter zakwestionował fakt wyrażenia się w ten sposób. Sześciu rzemieślników, świadków wydanego polecenia, broniło Woltera zapewniając, że słowo „szubienica" jest terminem czystotechnicznym używanym przez cech stolarzy na określenie belki przypominającej kształtem literę T i z tego powodu w żadnym wypadku nie może uchodzić za obraźliwe. Ksiądz jednak ostrzegał nadal coś obraźliwego w wypowiedzi Woltera dotyczącej krzyża Pańskiego i nie czuł się usatysfakcjonowany. Doszło w Dijon do procesu w tej sprawie. Tronchinowi, przyjacielowi Woltera, udało się zapobiec skazaniu myśliciela. Karą za tego rodzaju bluźnierstwo było wtedy wycięcie języka i odrąbanie rąk.

Wolter odczuwał wstręt do uśmiercania ludzi. Kiedy Madame Suard odwiedziła Woltera w Ferney i natrafiła na rycinę, która przedstawiała scenę pożegnania rodziny Calas z ojcem, zanim ten został złamany kołem, Wolter powiedział do niej: "Och, Madame, zajmuję się sprawami tej nieszczęsnej rodziny i rodziny Sirven od 11 lat, i w ciągu całego tego czasu traktowałem jak przestępstwo każdy najmniejszy uśmiech, który pojawiał się na mojej twarzy.

Jean Calas (1698-1762), hugenota, bogaty kupiec, został w Tuluzie żywcem złamany kołem. Oskarżono go o to, że zabił swego syna Marka-Antoniego (który się powiesił), by ponoć przeszkodzić mu w dokonaniu konwersji, to znaczy przejściu z protestantyzmu na katolicyzm. Wolter doprowadził w 1765 roku do rehabilitacji Calasa przez paryski parlament. Dla zmarłego rehabilitacja nastąpiła za późno, dla rodziny natomiast była aktem sprawiedliwości. Książkę Woltera „Traktat o tolerancji", napisaną w 1763 roku w związku ze sprawą Calasa, Kościół rzymsko-katolicki umieścił w 1766 roku na „Indeksie ksiąg zakazanych". Więcej...

Pierre-Paul Sirven, hugenota i mierniczy, urodzony w 1709 roku został w Tuluzie w 1764 roku skazany na śmierć przez tamtejszy parlament; udało mu się jednak uciec. W studni znaleziono zwłoki jego córki Elżbiety; ojca oskarżono o jej zamordowanie celem uniemożliwienia jej przejścia na katolicyzm. Dzięki staraniom Woltera Sirven został w roku 1771 zrehabilitowany, uniknął przez to wykonania wyroku, to znaczy stracenia. Więcej...

W roku 1766 Wolter zajął się przypadkiem dziewiętnastoletniego kawalera Jean-Francois de la Barre’a (1747-1766). Ku wielkiemu utrapieniu Woltera nie udało mu się przeszkodzić trybunałowi w Abbeville skazać podsądnego w 1766 roku na karę śmierci. Przed śmiercią był torturowany, następnie go ścięto. W ostatniej chwili przed ścięciem zrezygnowano z wyrwania mu języka, jak to przewidywał wyrok. Ciało spalono, a wraz z ciałem także „Listy o cudach" oraz inne pisma Woltera, które znaleziono u straconego.

La Barreowi zarzucono, że nie pozdrowił [tzn. nie zdjął kapelusza — tłum.] przeciągającej obok [w odległości 50 kroków] procesji i że uszkodził krzyż na jednym z mostów. Udowodniono mu tylko tyle, że nie zdjął kapelusza przed przechodzącą procesją i śpiewanie „sprośnych piosenek" (o Marii Magdalenie — tłum.). Wolter nie był w stanie doprowadzić do uwolnienia młodzieńca; udało się to natomiast w stosunku do jego przyjaciela, współoskarżonego Gaillarda d'Etallonde’a, który zdołał zbiec. Calas, Sirven, La Barre — to trzy najbardziej znane postaci z całego szeregu przypadków, w których Wolter usiłował zapobiec straceniu czy też doprowadzić do rehabilitacji" .

Był głęboko przekonany o potrzebie wolności słowa i prasy. Często przypisuje mu się wypowiedź: „Nie zgadzam się z tym, co mówisz, ale do śmierci będę bronił twojego prawa do wypowiadania tego, co myślisz". Jakkolwiek Wolter nigdy nie wypowiedział tego w taki sposób, jednak zdanie to określa w rzeczywisty sposób jego postawę.

Inną podstawową zasadą, którą głosił, było przekonanie o potrzebie wolności wyznania. Przez całe życie uporczywie protestował przeciw nietolerancji religijnej. Wolter wierzył w Boga, ale stanowczo odrzucał większość dogmatów religijnych i stale wyrażał pogląd, ze wiara ujęta w instytucjonalne ramy jest tylko pozorem. Naturalnie, Wolter nigdy nie uważał, iż utytułowani arystokraci francuscy są od niego lepsi, a z jego pism czytelnicy dowiadywali się, ze tzw. „boskie pochodzenie władzy królewskiej" jest czystym nonsensem. Sam na pewno nie był demokratą w pełni tego słowa znaczeniu (skłaniał się ku silnej, ale oświeconej władzy monarszej); u podstaw jego poglądów leżał sprzeciw wobec jakiejkolwiek formy rządów dziedzicznych. Nic zatem dziwnego, że większość jego zwolenników opowiadała się po stronie demokracji. Jego poglądy polityczne i religijne sytuowały się w głównym nurcie francuskiego oświecenia i przyczyniły w sposób istotny do wybuch rewolucji francuskiej z 1789 r. To przede wszystkim dzięki Wolterowi rozpowszechniły się we Francji, a przez to i w większej części Europy, idee demokracji, tolerancji religijnej i swobód intelektualnych.