Podczas Powstania Kościuszkowskiego na potrzeby obrony rekwirowano srebra kościelne. 9 maja 1794 r. osądzono i skazano na śmierć biskupa Józefa Kossakowskiego, członka rządu. 28 czerwca lud zlinczował targowiczanina biskupa Ignacego Massalskiego.

Początkowo Komisja Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego znajdowała się w gestii ministra Loży Masońskiej Stanisława Kostki — Potockiego , co przesądzało o antyklerykalnym charakterze rządów tego ministra ( 1815 — 20 ). Jednak fakt,że szkoły były wolne od wpływów Kościoła niemożebnie drażnił episkopat na czele z Janem Pawłem Woroniczem. Biskupi doprowadzili do zdymisjonowania antyklerykała i wprowadzenia swojego człowieka: Stanisława Grabowskiego ^{[ 1 ]}.

Grzegorz XVI w 1832 w podzięce za poparcie Pawła I w wojnie z Napoleonem, wydał encyklikę, w której potępił Powstanie Listopadowe. Nazwał powstańców „podłymi buntownikami, nędznikami, którzy pod pozorem dobra powstali przeciw władzy swojego monarchy" (prawosławnego cara!). Tak przemawia papież do Polaków w Kordianie Juliusza Słowackiego: "Niech się Polaki modlą, czczą cara i wierzą, (...) Niech wasz naród wygubi w sobie ogniów jakobińskich zaród albo Na pobitych Polaków pierwszy klątwę rzucę". W 1842 r. publicznie odwołał wcześniejszą opinię o Powstaniu, stwierdzając, że został oszukany przez posła carskiego. Pozostaje pytanie, dlaczego potrzebował aż dziesięciu lat aby to zrozumieć ?

Legion Adam Mickiewicza przeszedł wiosną 1848 r. na służbę Republiki Rzymskiej, podążyli tam na wezwanie Mazziniego, by jej bronić. Około 200 Polaków brało udział w obronie Rzymu przed francuskim korpusem ekspedycyjnym, który przywrócił siłą Państwo Kościelne papiestwu. Legion polski, powstały w papieskim Rzymie, zakończył działania w obronie republiki rzymskiej w walce ze świecką władzą papieża.

17 września 1863 konsystorz (kuria biskupia) wileński nazwał Powstanie Styczniowe „rokoszem" wywołanym przez „łotrzyków", „ludzi nieporządku", „przestępców".

Rok błogosławiony dla Polski to 1864 — po powstaniu styczniowym następuje kasata zakonów.

Fragment odezwy Postępowej Młodzieży Szkół ¦rednich o rozpoczęciu strajku szkolnego, Warszawa, luty 1905. Domagamy się:
"Pkt 2: Zniesienia systemu policyjnego w szkołach. Powinien być zniesiony inspektorat i wszystko, co jest z nim związane: śledzenie, donosicielstwo i rewizje. Powinien być również zniesiony przymus religijny, kartki do spowiedzi, obowiązkowe uczęszczanie do kościoła i prześladowania za wolnomyślność" ^{[ 2 ]}.