We wrześniu 1949 r. powstała Komisja Księży przy Związku Bojowników o Wolność i Demokrację — tzw. ruch księży patriotów (prokomunistyczny). Do roku 1954 w szeregach „kolaborantów" znajdowało się ok. 10% księży.

Porozumienia, jakie zawarł Kościół polski z państwem polskim w latach 1950 i 1956, były przekroczeniem jego kompetencji. Prawo kanoniczne mówi, że status Kościoła w danym państwie reguluje się na szczeblu Watykan — dane państwo. Kościół lokalny nie ma do tego żadnych praw. Watykan urażony został krytyką swojej postawy w czasie II wojny światowej przez władze PRLu, tym samym nie wycofał swojego poparcia dla rządu londyńskiego (mimo, że uczynili to jego wszyscy sojusznicy). Konsekwencją tego było długie nieuznawanie wielu posunięć polskiego Kościoła przez władze w Watykanie. Pius XII odnosił się bardzo niechętnie do polskiego Kościoła, popierał jednocześnie wszelkie odwetowe i rewizjonistyczne posunięcia RFN. Mało kto wie, że „Prymas Tysiąclecia" po przybyciu do Rzymu w maju 1957 r. przez kilka tygodni musiał czekać na audiencję u Piusa XII, który w ten sposób wyraził swoją głęboką dezaprobatę dla układów z państwem komunistycznym jakie zawarł episkopat Polski.

Po śmierci biskupa Spletta w 1964 r. papież mianuje jego następcą na ordynariusza diecezji gdańskiej Edmunda Nowickiego. Splett utrzymywany był dotychczas na stanowisku zarządcy diecezji gdańskiej mimo, że faktycznie nie sprawował tej funkcji i mieszkał w RFN. Jednak papiestwo wyrażało w ten sposób nieuznawanie polskości Gdańska.

Do roku 1967 biskupi faktycznie zarządzający diecezjami z Ziem Odzyskanych nie posiadali pełnomocnictwa Watykanu, lecz jedynie kardynała polskiego ! Nasi biskupi ordynariusze w Watykanie figurowali jako sufragani (pomocnicy) kardynała Wyszyńskiego (w 1956, kiedy zostali mianowani na „biskupów-sufraganów" papież wyraźnie zaznaczył, że nie może to być rozumiane jako "pierwszy krok na drodze ku uznaniu polskiego zwierzchnictwa" nad ziemiami przejętymi przez Polskę po wojnie od Niemców ).
W 1967 r. biskupi z diecezji wrocławskiej, gorzowskiej, opolskiej i olsztyńskiej mianowani zostali przez papieża „administratorami apostolskimi" na obszarach swych jurysdykcji. Oznaczało to, że uzyskiwali oni teraz pełnomocnictwo papieskie do sprawowania zarządu na swymi diecezjami (jednak tylko z tych czterech diecezji), ale Watykan nadal nie uznawał tych terenów za polskie. Były to „diecezje apostolskie", czyli watykańskie, lub inaczej — niczyje !

Do roku 1970 Watykan nie uznawał zachodniej granicy Polski, a miejscowości z Ziem Odzyskanych w dokumentach papieskich figurował jako niemieckie. Jeszcze na wiosnę 1970 r. papież przyjmował na audiencji pielgrzymów z prelatury Schneidemühl (czyli Piły) oraz z Ermlandu (czyli z Warmii). Tak tez figurowały te miejscowości w dzienniku L'Osservatore Romano. Formalnoprawną przyczyną (nie faktyczną, czyli nadrzędność interesów Kościoła niemieckiego nad polskim) tego bojkotu polskich granic, był konkordat zawarty z hitlerowskimi Niemcami 20 lipca 1933. Konkordat ten wyliczał wszystkie diecezje należące do Niemiec. Mimo, że państwo hitlerowskie zostało napiętnowane na arenie międzynarodowej jako zbrodnicze, to jednak Watykan uznawał za święte umowy zawarte z faszystami, zapominając jednocześnie jak luźny miał stosunek do podobnych umów zawartych wcześniej z Polską.