1)Mark Isaak stara się przekonać, że naturalistyczny ewolucjonizm nie jest sprzeczny z teizmem. Dowodzić ma tego fakt, że istnieją wierzący w Boga wybitni neodarwiniści. Jednak podejście takie pomija podstawowy problem, że tradycyjne rozumienie teizmu to Bóg biorący udział w stwarzaniu życia. Bóg ograniczony do uruchomienia procesu ewolucji to po prostu deizm.
Deistą jest np. Jezuita George Coyne, dyrektor Obserwatorium Watykańskiego. Ponieważ deizm jest uważany przez główne odłamy chrześcijaństwa za herezję ludzie pokroju Coyne'a poprzez słowne manipulacje zaprzeczają właściwej klasyfikacji ich poglądów.

Mieczysław Pajewski proponuje by dla osób, którzy głoszą w praktyce deizm przy jednoczesnej mistyfikacji, że go nie głoszą uknuć nowy termin będący złożeniem dwóch słów - "deizm" i "mistyfikacja" - i utworzyć neologizm: "deistyfikacja" oraz "deistyfikatorzy", aby "adekwatnie odnosić się do tego, z czym mamy do czynienia".

Isaak zna te zarzuty i cytuje:
>"Ewolucja naturalistyczna jest do pogodzenia z istnieniem 'Boga' jeśli przez ten termin nie mamy na myśli nic więcej jak tylko pierwszą przyczynę, która wycofuje się z dalszej aktywności po ustanowieniu praw natury oraz ustawieniu naturalnego mechanizmu ruchu".

... a jego odpowiedzią jest:

>"Dla tych z nas, którzy znają kilku biologów ewolucyjnych osobiście, takie twierdzenia są więcej niż niedorzeczne.[..]jest wielu dla których Bóg jest istotą osobową, wszechobecną siłą przenikającą życie. Wśród niektórych odłamów chrześcijaństwa czy wyznawców innych religii konflikt pomiędzy wiarą w Boga a ewolucjonizmem jest niedostrzegalny."

Czyli zupełny brak odpowiedzi :) Isaak wyraża własną niewybredną opinię ("to niedorzeczne") a potem powtarza się że istnieje wielu ludzi którzy wierzą jednocześnie w neodarwinizm i w wszechobecnego Boga. Pomija jednak oczywistość, że w neodarwinizmie absolutnie zbędna jest jakakolwiek "siła przenikająca życie".

2)>"Większość naukowców przyzna, że zawsze będą występowały zjawiska, których nie da się wytłumaczyć. Rozsądna osoba, kiedy na nie spojrzy, powie najzwyklej: "Nie wiem". Natomiast dla zwolenników teorii ID są owe obszary niewiedzy pretekstem dla otwarcia bram temu, co nadnaturalne, być może nawet dowodem na istnienie tegoż. To jest właśnie argument z Boga ujawniającego się w lukach wiedzy."

Tyle że zwolennicy ID nigdy nie argumentują w ten sposób. Inteligentny projekt jest najlepszym wyjaśnieniem nie dlatego, że nie wiemy jak powstały np. biochemiczne systemy, ale dlatego że do ich powstania wymagany jest rozumny czynnik. To argumentacja z wiedzy a nie z "niewiedzy".
Jeśli poznane mechanizmy ewolucji wskazują, że zmiany wewnątrzgatunkowe prowadzą tylko do redukcji informacji, podczas gdy powstawanie nowych struktur biologicznych, nowych planów budowy wymaga wzrostu informacji to Inteligentny projekt jest najlepszym wyjaśnieniem na zasadzie zwykłej analogii że wiemy że wzrost informacji może być spowodowany przez inteligencję (np. człowieka).
Można się nie zgadzać z ID ale nonsensowne jest wmawianie, że argumentują oni z niewiedzy.

3) Mark Isaak stara się przekonać, że nauka zakładająca a priori naturalizm może mimo wszystko wykryć projekt. Jako przykład podaje projekt SETI, czyli naukowe poszukiwania pozaziemskich cywilizacji. Nie zauważa, że tym samym zaprzecza swoim wcześniejszym wnioskom że nauka nie zajmuje się nieweryfikowalnymi bytami. Nikt nie wie jaka jest "natura" potencjalnych kosmitów co nie przeszkadza w wykrywaniu sygnałów od nich. Podobnie nieistotna jest natura Projektanta przy wykrywaniu projektu w przyrodzie.

Pozwolenie na badania w stylu SETI bierze się z filozoficznego przyzwolenia na istnienie pozaziemskich cywilizacji. Sprzeciw wobec szukania projektu w przyrodzie bierze się z filozoficznego braku przyzwolenia na istnienie projektanta i kurczowego trzymania się metodologicznego naturalizmu. (jest to o tyle ważne że współczesna metodologia nauki skonstruowana przez takie umysły jak Popper , Kuhn , Lakatos, Feyerabend wykazała że nie można sfalsyfikować teorii odwołując się tylko do empirycznych faktów)

Bardzo łatwo to udowodnić. Żeby "dołożyć" wcześniej wspomnianemu Coyne'owi weźmy jego recenzję książki Behe'go z czasopisma "Nature". Recenzja jest na dwie strony mimo to Coyne tylko w kilku zdaniach odnosi się do zagadnienia nieredukowalnej złożoności :

"Odpowiedź na racje Behe'a leży w uświadomieniu sobie, iż biochemiczne ścieżki [...] zostały zmontowane z elementów dokooptowanych z innych ścieżek ... Trombina na przykład jest jedną z głównych protein odpowiedzialnych za krzepnięcie krwi, działa jednak również w procesie podziału komórek i jest powiązana z trawiennym enzymem trypsyną. Kto wie, która funkcja pojawiła się najpierw?"

Odpowiedź Behe:
"Dobre pytanie - kto wie, która funkcja pojawiła się najpierw? Nikt nie wie. Nikt także nie wie, w jaki sposób jedna funkcja może wyjaśniać drugą. Jest to jak mówienie, iż sprężynki znajdują się zarówno w zegarkach, jak i łapkach na myszy, tak więc być może jedno wyjaśnia drugie. Jednak zagadnienie, w jaki sposób skomplikowane systemy biochemiczne zgromadziły się razem, tak naprawdę nie interesuje Coyne'a. "Możemy na zawsze nie potrafić wyobrazić sobie pierwszych [biochemicznych] protościeżek. Trudno jednak uzasadniać, że dlatego, iż jeden człowiek nie potrafi sobie takich ścieżek wyobrazić, nie mogły one istnieć."

Najwyraźniej argument Coyne'a jest taki: nie potrzebujemy dowodów; życie po prostu musiało powstać według zasad Darwina."
- ironizuje Behe.

Dlaczego Coyne w ogóle nie uważa za problematyczne powstanie systemów biochemicznych? Bowiem przy odgórnym założeniu że i tak wszystko rozwinęło się samoistnie problem ten jest mało palący. I tak dochodzimy do absurdu że podstawowe zagadnienie jakie powinien rozwiązywać współczesny neodarwinizm jest a priori mało interesujące.

Rozwiązania zadowalającego faktycznie nie ma. Przyznaje to mikrobiolog Shapiro z Uniwersytetu w Chicago gdy mówi "Nie istnieją żadne szczegółowe darwinowskie racje za ewolucją jakiegokolwiek podstawowego biochemicznego bądź komórkowego systemu, jedynie różnorodność życzeniowych spekulacji".

Nie przeszkadza to oficjalnym zapewnieniom że problem jest trywialny. Właściwie nie istnieje. Zabawna sprawa bo w kwietniowym numerze Science opisane są badania Joe Thornton'a w których spekuluje jak powstawały systemy nieredukowalnie złożone. Panie i Panowie witajcie w debacie która nie istnieje - żartował jeden z komentatorów.

4) Można by jeszcze skomentować inne fragmenty, a są tam prawdziwe rodzynki jak: "...teistyczny ewolucjonizm jest sam w sobie rodzajem teorii nienaturalistycznego inteligentnego projektu!" ale nie miałoby to wiele sensu. Dopóki społeczność naukowa nie przyzna się do metafizycznego założenia naturalizmu wszelkie dyskusje nie mają sensu, a dogmatyczni neodarwiniści pisać będą takie nieprzekonujące teksty i trwać będą w zadowoleniu.

Odwieczne marzenie naukowcow pewnoscia sie kiedys zisci, i ci polbogowie w bieli poczuja sie przez chwile Bogiem; ale stworzyc istote ludzka?niemozliwe.
Nauka weryfikuje religie i chyba na tym rola nauki sie konczy,