Miejmy ten argument filozoficzny szybko z głowy: z metodologicznego punktu widzenia nie ma nic złego w sceptycznym podejściu do zagadnienia. Niezbadany fragment DNA prawidłowo powinno uznać się za nie pełniący funkcji...do czasu aż takowa funkcja nie zostanie udowodniona! Na tym opiera się nauka i tym właśnie jest tutaj hipoteza zerowa! Gdy naukowcy wykażą, że dany fragment genomu nie jest śmieciowy i rzeczywiście pełni jakąś funkcję, wtedy właśnie wiedza ta nas wzbogaci — ale nie wcześniej. Część argumentujących zapomina o tym, że funkcja niekodującej części DNA jest nadal dyskusyjna w świecie naukowym i argument „Przecież nie może być tak, że ten ogrom DNA nic nie robi...jego funkcja na pewno zostanie wcześniej czy później wyjaśniona!" jest niczym więcej jak jego/jej osobistą opinią. BA! Domaganie się dowodów nieistnienia funkcji śmieciowego DNA, jest analogicznym z domaganiem się dowodu na nieistnienie Czajniczka Russela. Mimo to przeciwnicy śmieciowego DNA często zarzucają arogancję zwolennikom śmieciowego DNA mówiąc, że zakładają oni z góry brak takowej funkcji. To nieprawda — praktycznie każdy naukowiec zajmujący się tym zagadnieniem zaznacza, że spodziewać się można jeszcze wielu przełomowych odkryć wśród fragmentów o nieznanej funkcji. Zaznaczają oni jednak, że biorąc pod uwagę działanie ewolucji, paradoks wartości C, organizmy pozbawione śmieciowego DNA, oraz naszą wiedzę o pochodzeniach i funkcji komponentów genetycznych, nie podejrzewają oni aby całe nasze DNA posiadało funkcję...tylko dlatego, że ono tam jest. Z drugiej strony przeciwnicy śmieciowego DNA nagminnie ogłaszają jego koniec, tylko dlatego, że poznano nową funkcję kilku wybranych fragmentów stanowiących marginalną część genomu, lub też podaje się funkcjonalne nc-DNA jako przykład śmieciowego DNA, co wydaje się być jeszcze bardziej aroganckim podejściem.

KRYTYKA "ENCODE": Oprócz wymienionych powyżej argumentów, w dyskusji o śmieciowym DNA zawsze pojawia się temat "ENCODE". Wedle przeciwników idei śmieciowego DNA, ten gigantyczny projekt badawczy wskazuje, że takowe nie istnieje. Niniejszy artykuł nie ma na celu ukazania wszystkich argumentów obu stron, jednakże niezwykle ważne wyniki badań ENCODE zasługują na wyjątek. W rzeczy samej, ENCODE wywołało zamieszanie nawet wśród naukowców zajmujących się tym zagadnieniem, co stało się podstawą jego krytyki. Zatem czym jest projekt ENCODE i dlaczego wcale nie obalił idei śmieciowego DNA?

Naukowców czekał jednak szok, kiedy zdali sobie sprawę, że rzeczywista liczba genów jest znacznie mniejsza niż przypuszczali. Spodziewali się, że nasz genom może być siedliskiem dla nawet 100.000 genów kodujących białka, gdy tymczasem rzeczywista ich liczba to zaledwie 20.000-25.000. Oznaczało to, że tylko ~1,5% genomu to geny rzeczywiście kodujące białka, a "śmieciowego DNA" które przewidziano kilkadziesiąt lat wcześniej jest zdecydowanie więcej! Jednocześnie zaczęto odkrywać liczne sekwencje które nie kodowały białek, ale pełniły istotne funkcje takie jak: fragmenty transkrybowane do RNA (tRNA, rRNA, snRNA), regiony regulujące ekspresję genów (promotory, wzmacniacze, fragmenty wyciszające), regiony zaznaczające początek replikacji, czy też fragmenty pełniące funkcje strukturalne (telomery, centromery). Imponująca lista, jednakże wszystkie te fragmenty ncDNA wraz z genami kodującymi białka nadal wydawały się stanowić marginalną część genomu! Niemniej jednak niekodujące DNA stało się temat przewodnim badań biologii molekularnej minionej dekady. Bez względu na poglądy na kwestię śmieciowego DNA, wszyscy naukowcy byli (i nadal są!) zgodni, że w naszym genomie pozostało jeszcze do odkrycia wiele fragmentów które choć nie kodują białek, pełnią istotną funkcję dla organizmu. Przykładem niech będzie stosunkowo niedawne rewolucyjne odkrycie interferencyjnego DNA, które może „wyciszać" geny kodujące białka — odkrycie które otworzyło drogę dla setek potencjalnych leków i nowych metod inżynierii genetycznej.

ENCODE: Dlatego właśnie w 2003 roku rozpoczęto kolejny wielki program badawczy: ENCODE (czyli: Encyclopaedia of DNA Elements). Rolą ENCODE było ustalenie z czego dokładnie składa się nasz genom. To dość karkołomne zadanie — nie ma tylu naukowców na świcie aby zbadać każdy fragment DNA z osobna! Dlatego też, w badaniach ENCODE analizowano genom odgórnie — jako całość. Poszukiwano w nim fragmentów o cechach świadczących, że być może pełnią jakąś użyteczną funkcję dla organizmu. Analizowano pięć takich cech: